I. Introducción: Generación de mapas de calor avanzadas con la librería Layermap

R tiene muchos paquetes para producir mapas de calor. En la última sesión conociste pheatmap, un paquete excelente para crear mapas de calor.

https://github.com/NateyJay/layermap

Aquí presento mi paquete de R "Layermap" que permite generar de forma sencilla mapas de calor con muchas capas de información. Esto mejora pheatmap de varias maneras:

Sintaxis simple, utilizando 3 estructuras de datos de entrada.
Formato flexible, permite vistas únicas y personalizadas de su mapa de calor.
Métodos avanzados, incluyendo el aislamiento de agrupaciones predeterminadas.
Utiliza gráficos de base R, lo que le permite flexibilidad con algunas otras herramientas.
Crea gráficos secuencialmente, permitiendo al usuario ver el efecto directo de los comandos uno a uno.
Salida de imagen limpia y de alta calidad, lista para su publicación.

También hay que mencionar que existen muchas otras herramientas para hacer mapas de calor, aunque pocas tienen la capacidad de hacer figuras como ésta. ComplexHeatmap es una herramienta muy utilizada que puede hacer imágenes complejas (muy potente, muy bien citada). Layermap es considerablemente más modesto en su alcance, aunque puede producir mapas de calor muy complejos por sí mismo.

II. Sesión práctica

1) Instalación y carga del paquete Layermap

install.packages("devtools") #Installing from CRAN if you don't have devtools

devtools::install_github("nateyjay/layermap", upgrade='n')
library(layermap)

2) Conceptos básicos de trazado en R/layermap

Utilizamos data.frames como estructura de datos base de Layermaps. Idealmente, esto incluye 3 objetos:

Los valores val.df (esto es parecido a una matriz de datos). Todos los datos deben tener el mismo formato (numérico), de lo contrario los datos se interpretarán como un mapa de calor categórico.
row.df y column.df se refieren a los atributos de las filas y columnas delval.df. Pueden ser numéricos, caracteres, factores o lo que sea. Básicamente: los nombres de las filas de estos data.frames deben coincidir con los nombres de fila y columna del val.df.